Pierwszy sezon The Walking Dead: Dead City kontynuuje historię po zakończeniu głównego serialu – syn Maggie, Hershel, zostaje porwany przez Chorwata na Manhattan, który jest odcięty od stałego lądu i pełen hord żywych trupów. Aby uratować syna, Maggie musi zwrócić się o pomoc do Negana, który jest ścigany przez oficera Perly’ego z Nowego Babilonu za zabicie pięciu osób. Razem przedzierają się na apokaliptyczny Manhattan, gdzie spotykają resztki Armii Zbawienia Chorwata, a na jaw wychodzi przeszłość Negana – okazuje się, że Chorwat był kiedyś jego przesłuchującym. Później Maggie i Negan wraz z plemieniem ocalałych przypuszczają frontalny atak na Madison Square Garden, ale Chorwat zastawia pułapkę i wpuszcza na nich hordę żywych trupów. Serial zawiera również retrospekcje ukazujące konflikt między Neganem a Chorwatem, a Perly stopniowo poznaje prawdę o morderstwach Negana.